Transport kolejowy w Estonii – system transportu kolejowego działającego na terenie Estonii.
Operatorem systemu są Eesti Raudtee. Sieć obejmuje 1441 km linii kolejowych (z czego 1219 km jest zarządzane przez Eesti Raudtee), z czego 225 km jest zelektryfikowanych. Niemal wszystkie linie są szerokotorowe i mają rosyjski rozstaw szyn 1520 mm.
Infrastrukturą zarządza spółka Eesti Raudtee Infra.
Napięcie obowiązujące na liniach zelektryfikowanych to 3000 V (czyli 3 kV).
Pierwszą linią kolejową była Kolej Bałtycka (Paldiski – Tallinn – Petersburg) otwarta 5 listopada 1870 roku.
Kolejne linie szerokotorowe powstawały głównie do wybuchu I wojny światowej. W 1896 r. otwarto pierwszą linię wąskotorową (750 mm) z Walgi do Parnawy.
W 1918 roku Estonia uzyskała niepodległość i powołano Eesti Raudtee.
W 1941 roku sieć liczyła 1447 km linii (772 km tor szeroki i 675 km tor wąski).
Po II wojnie światowej Estonia stała się częścią Związku Radzieckiego, a niektóre linie wąskotorowe przekuto na tor szeroki, W 1957 r. rozpoczyna się wprowadzanie trakcji spalinowej na szeroką skalę.
Po upadku Związku Radzieckiego 1 stycznia 1992 roku powołano Eesti Raudtee.
W 2019 r. ogłoszono plany, zgodnie z którymi zaplanowano zwiększenie do końca 2028 r. długości odcinków zelektryfikowanych do 900 km.
W planach jest też budowa normalnotorowej linii Rail Baltica, która połączy Polskę z krajami bałtyckimi. Estoński odcinek linii zacznie się na granicy z Łotwą w pobliżu wsi Ikla. Dalej trasa pobiegnie przez Parnawę i Raplę do Tallinna.